【追記(8/19)】投稿可能な動画ファイルのサイズが増加しますにもあるようにニコ動のほうで仕様変更があった模様。
自分からしてみれば完全に寝耳に水ですが（ブラウザ版艦これの夏イベやってたのでｗ）正直困ったことになってます。
というのも、プレミアムだろうが一般だろうが投稿した動画は必ずサーバー側で再エンコされるというクソ仕様メンドクサイ仕様に（汗）
その為、どうあがいても音質が劣化します。これがいただけない・・・。
自分のようなボカロを使って曲を作ってる者にとって音質劣化は避けたいところなんですがムリのようですね。
なんとか妥協点を見つけようとテストでエンコした動画を非公開でうｐしてチェックしてたんですが
ようやくなんとか画質と音質を維持しつつそれなりに視聴できるようにはなりました。
まあ音質はどうあがいても劣化するので、高音質のファイルはどこかに置くしかないかも・・・。SoundCloudとかｗ

ニコニコ側からの動画条件は下記の通り(8/22現在)

▼サーバーエンコードにつきまして
・投稿容量に関わらず全てniconico側でエンコードし複数画質を生成しております。
・下記のフォーマットを満たした動画につきましては、従来の100MB制限が無い、大容量の動画が生成されます。

▼動画フォーマットにつきまして
・動画尺：15分 ＞30分 ＞30分以上 と動画尺の短いグループ順に高画質な動画が生成されます
・ビットレート：2Mbps 以上
・解像度：720p
・音声：44.1kHz / 192kbps 以上
※現時点での推奨フォーマットとなっており、今後の改善に合わせて変更となる場合がございます。

自分でいろいろ試した結果、もうこれわかんねぇなｗｗｗｗってなってますが
結局のところ、条件以上のファイルを作ればいいんじゃね？（ぶっちゃけHD動画）ということで落ち着きました。
VideoStudioからのエンコなんで、音質が48kHz256k以上は作れないですがまあなんとかｗ

実際プレミアムだろうが一般だろうが再エンコされた劣化動画を視聴するハメになるんだったら
わざわざ課金してプレミアムになってる意味なくないか？と懸念してます。
動画投稿の容量が上限切ったら新しくアカウント作ればいいわけだし。
高画質高音質の動画をストレスフリーで視聴できるのがプレミアムの売りだったはずなんですがねぇ・・・。

ニコニコの新エンコ、難しく考えすぎなんだよ。あれ、簡単になったってことだからね。今までは事前に自分で100Mに適応するようにあれこれしておく必要があったけど、動画レンダリングする段階で大きめに作ってそのまま放り込めば、ニコニコ側で勝手に一番いい状態にしといてくれるってことだからね

— akasaka (@akasaka_pizza) 2016年8月21日

元動画をちょっと大きめに作る基準としては、
解像度はちょっと上(15分以下なら1920×1080)
ビットレートは大体2.5倍～3倍(15分以下なら5M～6Mbps)
音声は48kの514k～320kでレンダリングしておけば
勝手に最適な状態でうｐされてる。ホントそれだけだから。

— akasaka (@akasaka_pizza) 2016年8月21日

とりあえず、これがエンコする基準になりそう。
つんでれんこでのエンコもいいと思うけど、無理につんでれんこ使わなくてもいいかなってｗ
とりあえず運営側からの追加情報待ちですかねぇ。。。
たしか２８日にメンテするって話だし。
いや本当に面倒なことをしでかしてくれたものですよ、ええ（苦笑

つんでれんこに関してはこちら
＞＞つんでれんこのニコニコ新仕様への対応